NATO věnuje zvláštní pozornost boji proti terorismu a obraně před zbraněmi hromadného ničení (jadernými, biologickými i chemickými).

NATO hodlá vytvořit síly rychlé reakce, které by měly být schopny během týdne rozmístit pět tisíc vojáků v jakékoliv části světa. (Celkově by měly mít 21 tisíc mužů).
Tyto síly také mohou počítat s leteckou a námořní podporou. Skeptici sice namítali, že síly rychlé reakce jsou pouhým způsobem, jak podřídit evropské elitní jednotky americkému velení, nicméně na pražském summitu se všichni shodli, že bez podobné síly by aliance nedosáhla potřebné mobility.

Aliance se dále zavázala, že bude reformovat své vojenské velitelské struktury tak, aby dosáhla maximální efektivnosti řízení. Klíčovou součástí balíku vojenských opatření  je ovšem vytyčení priorit, na něž se mají armády členských zemí zaměřit.

Členské státy se budou věnovat nejen obraně před zbraněmi hromadného ničení, ale také zdokonalení svých schopností v oblastech, jakými jsou rozvědka, průzkum, velení, spojení a informační systémy. NATO by mělo v budoucnu disponovat větším množstvím přesně naváděné munice, létajícími tankery a mobilními jednotkami, jež budou schopny po dlouhou dobu působit v krizové oblasti.

Robertson označil vrcholnou schůzku v Praze za historickou mez pro Severoaltantickou alianci. "Společně jsme posílili alianci a vojenské schopnosti. Vzniká nové a modernizované NATO. Taková organizace je lepším pojistným elementem pro členské státy a silnějším partnerem pro ostatní země," prohlásil Robertson.

Další důvěra v posílenou roli aliance v 21. století podle něj pochopitelně závisí na vojenských schopnostech členských států. Zároveň upozornil, že opatření přijatá v Praze jsou skutečnými závazky, nikoli jen deklaracemi.