V současnosti proto náčelník Generálního štábu Vlastimil Picek vyjednává se zástupci církví o dalších podmínkách. Z dosavadních zkušeností za 11 let působení českých vojenských kaplanů v armádě totiž vyplývá, že jsou velmi potřební.

Podle hlavního kaplana Jana Kozlera si armáda ověřila, že vojenský kaplan má mezi vojáky své místo. Čeští vojáci v něm podle jeho slov nacházejí důvěrníka, který vyslechne, poradí a pomůže s osobními problémy.

Kaplan by měl být vojákům neustále na blízku, měl by je školit i o etice vojenského profesionála a věnovat se jim před jejich zahraničním nasazením a po jejich návratu. "Týká se nás i kontakt s pozůstalými, pomáháme rodinám vojáků, kteří byli vážně zraněni," konstatoval Kozler.

V současné době slouží v armádě 19 kaplanů ze čtyř církví - římskokatolické, českobratrské evangelické, československé husitské a adventistů sedmého dne. Armáda plánuje do roku 2011 navýšit rozšířit řady kaplanů o dalších 21. Generální štáb tak v současné době vyjednává i se zástupci církví Bratrské jednoty baptistů, Apoštolské církve, Církve bratrské a Pravoslavné církve.

Novodobá vojenská duchovní služba byla zřízena v resortu ministerstva obrany rozkazem ministra obrany 3. června 1998. Jejímu vzniku předcházela dvouletá jednání mezi ministerstvem obrany a křesťanskými církvemi v České republice.

Jednání byla završena podepsáním dohody mezi Ministerstvem obrany ČR, Ekumenickou radou církví a Českou biskupskou konferencí o podmínkách, za kterých budou duchovní povoláváni do služby v armádě.
První vojenský kaplan v Armádě České republiky začal působit v české jednotce IFOR/SFOR v Bosně a Hercegovině v roce 1996.